现代笔记管理软件主要有两大类：目录管理和标签管理软件，两者比较如下：
目录管理
目录（或文件夹）管理软件即将主要属性相同的文件都放在同一目录下，如“数学”目录下的文件均和数学相关的文件。大部分笔记管理软件都属于目录管理软件，如目前语雀客户端。
目录管理类软件
目录管理类软件从整体结构上对笔记进行管理，侧重于笔记之间的纵向联系，使得笔记系统更加体系化，拓展了笔记的深度。缺点是笔记都是线性存放的：一篇笔记只能位于一个目录下，不同目录下的文件之间并未产生关联，使得笔记之间互相独立。如果笔记的搜索功能较弱，将严重降低一篇笔记被找到的概率。
标签管理
标签(tag)管理软件可以对一篇笔记添加多个标签，每个标签代表不同的维度。相较目录管理软件而言，标签管理软件提供多属性的管理，看起来更为合理。
标签管理类软件
标签管理类软件强调笔记之间的横向联系，扩展了笔记的广度。缺点是当标签数量达到成百上千后，管理起来会很非常混乱。
比较好的方式是目录管理与标签管理相结合，这样能避免两者的缺点，这也是目前很多笔记软件所使用的方式。但这样仍不够，以笔者使用多款笔记软件的经验来看，即使是目录与标签组合，笔记之间的关联还是还是不够。